Sindirim sistemi, enfeksiyonlar için koruyucu maddeler içerdiğinden anne sütü almayan bebekler sık sık enfeksiyonlara yakalanır.
Orta kulak iltihabı riskini anne sütü alan bebeklere göre daha fazladır.
Bazı kronik hastalıkların oluşma riski anne sütü almayan bebeklerde daha fazladır.(Tip 1 Diyabet, Çölyak hastalığı, Obezite, Koroner Kalp Hastalıkları gibi)
Bebeğin ruhsal, bedensel ve zihinsel gelişimine yardımcı olan anne sütü alınmadığında, dikkat azlığı sendromu, ilgisizlik gibi sorunlar ile karşılaşılabilir.